科研思路｜EST：室内空气粉尘中抗菌化合物对抗生素抗性基因传播的影响

论文信息

论文题目：Antimicrobial chemicals are associated with elevated antibiotic resistance genes in the indoor dust microbiome

期刊：Environmental Science & Technology

IF：7.149

发表时间：2016

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研究背景

室内环境被认为是抗生素抗性致病菌感染人类的重要区域，抗菌化合物广泛存在于室内空气中，并且可能会诱导抗生素抗性，本研究关注粉尘微生物中抗菌化合物与ARGs的关系。

技术路线

• 室内粉尘采集自一个建筑物不同用途和功能的房间，共44个样品

• LC-MS分析三氯生、三氯卡班、methyl-、ethyl-、propyl-和butylparaben

• Illumina Hiseq PE150bp测定16S rRNA V4区分析群落结构

• Illumina NextSeq测定宏基因组分析ARGs

研究结果

1、PERMANOVA分析表明房间的功能和用途与室内微生物群落结构显著相关。

2、本研究室内空气样品中的微生物只有不足25%是来源于人类，其中大部分来自人类皮肤。

3、Mantel test表明抗菌化合物的浓度与室内微生物群落结构不存在显著性关系性。

4、室内粉尘中丰度最高的ARGs为tetW、blaSRT-1和ermB。

5、相关性分析表明抗菌化合物的浓度与ARGs的丰度存在显著相关性。

6、抗菌类化合物对于整个微生物群落的影响很小，但其对ARGs的传播和持续影响很大。

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研究特色

本文对于抗生素抗性基因的分析并无新奇之处，但本人应用SourceTracker的方法识别了室内空气微生物中来源于人类的比例。

SourceTracker是一个基于贝叶斯方法的估计一个群落中来自另外一系列群落的物种的比例的工具。

SourceTracker为一个R语言包，通过输入各个样品16S rRNA扩增子测序得到的细菌群落注释结果及其丰度比例，该软件包即可根据指定的Source样品及其分类，计算出待分析样品中来源于不同环境的细菌比例。

部分分析结果展示如下：

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